La Edad Media es un largo periodo de un milenio ( 500 a 1500) en el que la medicina deja de estar centrada en la religión y en las creencias mágicas para centrarse en las enfermedades y sus síntomas.
El punto de inflexión se halla en la Escuela de Salerno, un templo del saber médico que estuvo abierta entre los siglos XI y XII. Según la tradición fue fundada por un cristiano, un judío, un árabe y un griego. En este centro estudió Alphanus, un monje que tradujo muchas obras médicas del griego, y que escribió otras en consonancia con la filosofía natural tan en boga en aquellos soglos desde su scriptorium de la abadía de Monte Cassino, al sur de Roma.
Pero la ciencia tiene su edad de oro en el mundo islámico. Uno de los médicos árabes más reputados fue Rhazes Al-Razi (865-925), un estudioso de Bagdab. Este sabio llegó a escribir 200 tratados de filosofía, lógica, ciencias naturales, astronomía y matemáticas. Sus tratados médicos fueron traducidos del árabe por Gerardo de Cremona (1114-1187) y circularía en los ambientes académicos hasta el siglo XVII.
Gerardo de Cremona también introdujo en Occidente el Canon de Ibn Sina, conocido entre los europeos como Avicena (989-1037). Ibn Sina adopta a la práctica médica los principios de Aristóteles y los conceptos del médico romano Claudio Galeno.
La Escuela de Salerno estuvo en boga hasta principios del siglo XIII en que el saber empìeza a difundirse por medio de las Universidades, pero en estos casos no era considerado mas que un medio de conocer a Dios y su creación. Se estudiaba los textos de Hipócrates de Cos y de Claudio Galeno, pero nadie escribía sus propios textos. Había una relación de atracción- repulsión entre los médicos teóricos de clase alta y los barberos, las parteras y los médicos con acceso a los enfermos.
Pero que se impartiese Medicina en algunas de las más prestigiosas Universidades no significaba en esta época dominada por la Religión, que se considerase mejor salvar los cuerpos que las almas. En la Universidad de Colonia solo 8 de los 800 estudiantes matriculados entre 1395 y1445 se convirtieron en médicos. En la de Oxford solo se graduaba un médico cada dos años.
En la Edad Media estaba mal visto que los monjes practicasen medicina fuera de los monasterios o que practicasen curugía y disecciones. Teodorico Borbognoni (1206-1298) fue uno de los más brillantes autores de tratados de cirugía de la época y Pedro de España (1205-1277) fue profesor de Medicina y fue investido como Papa con el nombre de Juan XXI
En el siglo XIII se solía trocear los cuerpos de los caballeros muertos en las Cruzadas para repatriar sus huesos y su corazón, siendo esta práctica un antecedente de las disecciones. El hervido de los huesos y del corazón fueron posteriormente prohíbidos por la Iglesia, pero la primera disección pública tuvo lugar en Bolonia y fue practicada por Mondino de Luzzi (1270-1326).

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